Το Πρόγραμμα Σπουδών συναρτάται ευθέως με τους στόχους του Π.Μ.Σ. – Α.ΔΟ.ΑΠ. και έχει συγκροτηθεί με βασικό άξονα τη θεώρηση της αρχιτεκτονικής και της δομοστατικής προσέγγισης ως αλληλένδετων πεδίων κατά την αποκατάσταση του ιστορικού κτιριακού δυναμικού. Το περιεχόμενο των μαθημάτων ευθυγραμμίζεται προς τις απαιτήσεις για εμβάθυνση – τόσο σε θεωρητικό, όσο και σε εφαρμοσμένο επίπεδο – στα σχετικά ζητήματα, σε περιφερειακή, εθνική και ευρωπαϊκή κλίμακα, με έμφαση στον 19ο και στον 20ό αιώνα.
Το Πρόγραμμα Σπουδών, συνολικής διάρκειας τριών (3) ακαδημαϊκών εξαμήνων (90 ECTS), περιλαμβάνει ένα κοινό εξάμηνο σπουδών (1ο εξάμηνο). Στη συνέχεια, στο δεύτερο (2ο) εξάμηνο, χωρίζεται σε δύο (2) κατευθύνσεις με ένα (1) κοινό μάθημα (και στις δύο κατευθύνσεις) και τρία (3) μαθήματα κατεύθυνσης:
Α. Κατεύθυνση «Αρχιτεκτονικής Αποκατάστασης Ιστορικών Κτιρίων και Συνόλων»
Β. Κατεύθυνση «Δομοστατικής Αποκατάστασης Ιστορικών Κτιρίων και Συνόλων»
Το τρίτο (3ο) εξάμηνο αντιστοιχεί στην εκπόνηση της ερευνητικού περιεχομένου Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας.
Οι Πιστωτικές Μονάδες, που περιγράφονται στους πίνακες μαθημάτων (βλ. στην ενότητα «Μαθήματα ανά εξάμηνο»), είναι κατ’ ελάχιστον ενενήντα (90) για την ολοκλήρωση του Π.Μ.Σ. – Α.ΔΟ.ΑΠ. από τον φοιτητή (30 ανά εξάμηνο σπουδών) και ακολουθούν το Ευρωπαϊκό Σύστημα Μεταφοράς και Συσσώρευσης Πιστωτικών Μονάδων (ECTS), όπως αυτό περιγράφεται στην Υ.Α. Φ5/89656/Β3 (13.08.2007) και στον «Οδηγό για τους Χρήστες του Ευρωπαϊκού Συστήματος Μεταφοράς και Συσσώρευσης Πιστωτικών Μονάδων ECTS» (Ευρωπαϊκή Επιτροπή, Βρυξέλλες 2009).